Debido a la Evangelización de América y especialmente Venezuela, en la que la Orden de la Merced participó desde sus mismos inicios, ésta fue perseguida durante el siglo XVII una y otra vez por conflictos internos al gobierno de la Iglesia en la provincia, y por los gobernadores civiles aliados a los primeros.
Uno de esos perseguidos fue su superior general Fray Francisco de la Huerta, el cual era un defensor de los indígenas; entre sus miembros, uno de ellos (Fray Bernardo Lanfranco) firmó el Acta del 19 de Abril de 1810. En el siglo XIX fueron expulsados de Venezuela y sólo retornarán a mediados del siglo XX.
La veneración a la Virgen de las Mercedes, se da en varios pueblos de Venezuela (Calabozo, Estado Guárico; Lobatera, Estado Táchira; Zea, Estado Mérida; Onoto, Estado Anzoátegui; Río Chico, Curiepe y en Caucagua, Estado Miranda; Aponte y La Trilla, Estado Aragua) con un conjunto de fiestas centradas en la Virgen María.
La Patrona de Caracas era la Virgen de la Merced (hasta ser sustituida por la Virgen de Coromoto, año 2011) y, además, fue nombrada en el siglo XVII como la Patrona del cacao. En la Iglesia de las Mercedes de Caracas (ubicada al lado del edificio del Ministerio de Educación, lugar donde estuvo el convento de los mercedarios desde 1682; hoy dicho templo está en manos de los franciscanos) en el centro de la ciudad; colocaban la imagen de la Virgen en un lugar importante del templo (esta talla es muy hermosa).
